તાજેતરમાં, મેં કંઈક અદ્ભુત શોધ્યું!તેમની આસપાસના ઘણા અદ્યતન પ્રયોગ વ્યાવસાયિકો કેટલાક ખૂબ જ મૂળભૂત પ્રાયોગિક જ્ઞાન બિંદુઓ પણ જાણતા નથી.

ઉદાહરણ તરીકે, શું તમે નીચેના પ્રશ્નોના જવાબ આપી શકો છો?

શું OD260 અને A260 વચ્ચે કોઈ તફાવત છે?દરેકનો અર્થ શું છે?
OD એ ઓપ્ટિકલ ડેન્સિટી (ઓપ્ટિકલ ડેન્સિટી) નું સંક્ષેપ છે, A એ શોષણ (શોષક) નું સંક્ષેપ છે, બે વિભાવનાઓ વાસ્તવમાં સમાન છે, “ઓપ્ટિકલ ડેન્સિટી” એ “શોષણ” છે, પરંતુ “ઓપ્ટિકલ ડેન્સિટી” મોટાભાગના રાષ્ટ્રીય ધોરણો સાથે સુસંગત છે અને વધુ પ્રમાણિત છે.

સામાન્ય રીતે આપણે ન્યુક્લીક એસિડ સાંદ્રતાની ગણતરી કરવા માટે OD મૂલ્યને 260nm પર માપીએ છીએ, તો 1OD શું રજૂ કરે છે?
ન્યુક્લીક એસિડ 260nm ની તરંગલંબાઇ પર મહત્તમ શોષણ શિખર ધરાવે છે, જેમાં DNA અને RNA બંને તેમજ ખંડિત ન્યુક્લીક એસિડના ટુકડાઓ (આ મુખ્ય મુદ્દો છે).
260 nm ની તરંગલંબાઇ પર માપવામાં આવેલ OD મૂલ્ય OD260 તરીકે નોંધવામાં આવ્યું હતું.જો નમૂના શુદ્ધ હોય, તો OD260 મૂલ્ય ન્યુક્લિક એસિડ નમૂનાની સાંદ્રતાની ગણતરી કરી શકે છે.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (ડબલ-સ્ટ્રેન્ડેડ DNA)
=37 μg/ml ssDNA (સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ DNA)
=40 μg/ml RNA
=30 μg/ml dNTPs (ઓલિગોન્યુક્લિયોટાઇડ્સ)
શું RT-PCR, Realtime-PCR અને QPCR વચ્ચે કોઈ જોડાણ અને તફાવત છે?
રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શન પીસીઆર માટે આરટી-પીસીઆર ટૂંકું છે
રિયલ ટાઈમ PCR=qPCR, ક્વોન્ટિટેટિવ ​​રિયલ ટાઈમ PCR માટે ટૂંકું
જોકે રિયલ ટાઈમ પીસીઆર (રીઅલ-ટાઇમ ફ્લોરોસન્ટ ક્વોન્ટિટેટિવ ​​પીસીઆર) અને રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શન પીસીઆર (રિવર્સ ટ્રાંસ્ક્રિપ્શન પીસીઆર) બંનેને સંક્ષિપ્તમાં RT-PCR તરીકે ઓળખવામાં આવે છે.પરંતુ આંતરરાષ્ટ્રીય સંમેલન છે: RT-PCR ખાસ કરીને રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શન PCR નો સંદર્ભ આપે છે.

જીવવિજ્ઞાનમાં DNA/RNA ની લંબાઈનું વર્ણન કરવા માટે સામાન્ય રીતે ઉપયોગમાં લેવાતા nt, bp અને kb શું છે?
nt = ન્યુક્લિયોટાઇડ
bp = આધાર જોડી આધાર જોડી
kb = કિલોબેઝ

અલબત્ત, તમે કહેશો કે ઘણા લોકો આ નાની વિગતોની પરવા કરતા નથી!દરેક જણ આ કરે છે, અને કોઈ તમને પૂછશે નહીં કે તે શું છે.તમે જાણો છો કે આ બિનજરૂરી છે, ખરું ને?

ના, ના, ના, આ જાણવું ખૂબ જ જરૂરી છે!જેના કારણે?
કારણ કે તમે એક લેખ પોસ્ટ કરવા માંગો છો!ભાઈ!ભલે તમે સ્નાતક થવાનું લક્ષ્ય રાખતા હો અથવા વૈજ્ઞાનિક સંશોધન સિદ્ધિઓને અનુસરતા હો, તમારે બોલવા માટે લેખો પર આધાર રાખવો જોઈએ!

ન્યુક્લીક એસિડ નિષ્કર્ષણ એ સૌથી સરળ અને સૌથી મૂળભૂત પ્રયોગ હોવો જોઈએ.ન્યુક્લીક એસિડ નિષ્કર્ષણની ગુણવત્તા સીધી અનુગામી પ્રયોગોના પરિણામોને નિર્ધારિત કરે છે.

તેમ છતાં મેં ઘણી વાર કહ્યું છે, હજુ પણ ઘણા મિત્રો છે જેઓ ધ્યાન આપતા નથી.આ વખતે મેં લેખમાંથી બહાર જવાનું નક્કી કર્યું!

જથ્થાત્મક રીઅલ-ટાઇમ પીસીઆર પ્રયોગોના પ્રકાશન માટે લઘુત્તમ માહિતી, જેને MIQE તરીકે ઓળખવામાં આવે છે, એ આંતરરાષ્ટ્રીય સ્તરે શરૂ કરાયેલ ફ્લોરોસેન્સ જથ્થાત્મક પ્રયોગ માર્ગદર્શિકાઓનો સમૂહ છે, જે ફ્લોરોસેન્સ જથ્થાત્મક PCR પ્રયોગોનું મૂલ્યાંકન કરવા અને લેખો પ્રકાશિત કરવા માટે જરૂરી પ્રાયોગિક માહિતી માટે લઘુત્તમ ધોરણોનો પ્રસ્તાવ મૂકે છે.પ્રયોગકર્તા દ્વારા પ્રદાન કરવામાં આવેલી પ્રાયોગિક પરિસ્થિતિઓ અને વિશ્લેષણ પદ્ધતિઓ દ્વારા, સમીક્ષકો સંશોધકની પ્રાયોગિક યોજનાની માન્યતાનું વધુ સારી રીતે મૂલ્યાંકન કરી શકે છે.

તે જોઈ શકાય છે કે ન્યુક્લીક એસિડ નિષ્કર્ષણના વિભાગમાં, નીચેની શોધ વસ્તુઓની દરખાસ્ત કરવામાં આવી છે,

"E" એ માહિતી સૂચવે છે જે પ્રદાન કરવી આવશ્યક છે અને "D" એ માહિતી સૂચવે છે જે જો જરૂરી હોય તો પ્રદાન કરવી જોઈએ.

ફોર્મ ખૂબ જ જટિલ છે, વાસ્તવમાં, હું કહેવા માંગુ છું કે દરેકને શરૂઆત કરવાની જરૂર છે

શુદ્ધતા (D), ઉપજ (D), અખંડિતતા (E) અને સુસંગતતા (E) આ ચાર પાસાઓમાં ન્યુક્લિક એસિડનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે.

પ્રાયોગિક ટેવો અનુસાર, સૌ પ્રથમ શુદ્ધતા અને એકાગ્રતાની મૂલ્યાંકન પદ્ધતિઓ વિશે વાત કરો.

OD માપન એ પ્રયોગકર્તાઓ માટે પ્રિય અને સૌથી સરળ શોધ પદ્ધતિ છે.સિદ્ધાંત માટે, હું અહીં વિગતોમાં જઈશ નહીં.ઘણી પ્રયોગશાળાઓ હવે ન્યુક્લીક એસિડના નમૂનાઓનું સીધું જથ્થાત્મક વિશ્લેષણ કરવા માટે અલ્ટ્રા-માઈક્રો સ્પેક્ટ્રોફોટોમીટરનો ઉપયોગ કરે છે.શોષક મૂલ્ય દર્શાવતી વખતે, પ્રોગ્રામ સીધું જ સાંદ્રતા મૂલ્ય (ન્યુક્લીક એસિડ, પ્રોટીન અને ફ્લોરોસન્ટ ડાય) અને સંબંધિત ગુણોત્તર આપે છે.OD મૂલ્યના વિશ્લેષણ માટે, આ ચિત્રને સાચવો અને તમે ઠીક થઈ જશો.

યુનિવર્સલ OD મૂલ્ય ઉકેલ સૂચિ

જો કે, ત્યાં કેટલીક ચેતવણીઓ છે જે તમારા માટે અલગથી લાવવાની જરૂર છે.

(છેવટે, હું જાણું છું કે તમારે જ બચત કરવી જોઈએ અને તમને જરૂર પડે ત્યાં સુધી રાહ જુઓ!)

નોંધ 1 સાધન

OD મૂલ્ય વિવિધ સાધનો દ્વારા પ્રભાવિત થશે.જ્યાં સુધી OD260 ચોક્કસ શ્રેણીની અંદર છે, OD230 અને OD280 ના મૂલ્યો અર્થપૂર્ણ છે.ઉદાહરણ તરીકે, 260nm પર સામાન્ય Eppendorf D30 ની શોષણ શ્રેણી 0~3A છે, અને થર્મોનો નેનોડ્રોપ વન 260nm પર છે.0.5 ~ 62.5A ની શોષક શ્રેણી.

નોંધ 2મંદન રીએજન્ટ

OD મૂલ્ય વિવિધ રીએજન્ટના મંદન દ્વારા પ્રભાવિત થઈ શકે છે.ઉદાહરણ તરીકે, pH માં શુદ્ધ RNA નું OD260/280 રીડિંગ7.5 10 એમએમ ટ્રિસબફર 1.9-2.1 ની વચ્ચે છે, જ્યારે માંતટસ્થ જલીય દ્રાવણગુણોત્તર ઓછો હશે, કદાચ માત્ર 1.8-2.0, પરંતુ આનો અર્થ એ નથી કે RNA ની ગુણવત્તામાં તફાવત બદલાય છે.

નોંધ 3અવશેષ પદાર્થો

અવશેષ પદાર્થોનું અસ્તિત્વ ન્યુક્લીક એસિડ એકાગ્રતા માપનની ચોકસાઈને અસર કરશે, તેથી ન્યુક્લીક એસિડના નમૂનાઓમાં પ્રોટીન, ફિનોલ, પોલિસેકરાઇડ અને પોલિફેનોલના અવશેષોને શક્ય તેટલું ટાળવું જરૂરી છે.

જો કે, હકીકતમાં, કાર્બનિક રીએજન્ટ્સ સાથે નિષ્કર્ષણ એ જૂની પદ્ધતિ છે.વ્યાપારી કિટ્સમાં, નિષ્કર્ષણ અસર સેન્ટ્રીફ્યુગેશન સાથે મળીને સિલિકા-આધારિત શોષણ સ્તંભ દ્વારા પ્રાપ્ત કરી શકાય છે, ઝેરી અને હાનિકારક કાર્બનિક રીએજન્ટ્સને ટાળી શકાય છે જેને દૂર કરવું મુશ્કેલ છે, વગેરે. સમસ્યા, જેમ કેફોરજીનની ન્યુક્લીક એસિડ નિષ્કર્ષણ કીટ, સમગ્ર ઓપરેશન દરમિયાન DNase/RNase અને ઝેરી કાર્બનિક રીએજન્ટનો ઉપયોગ કરતી નથી, ઝડપી અને સલામત, અનેઅસર છેસારું(આકસ્મિક રીતે કહ્યું કે તે ટાલ હતી, પરંતુ હું જાણું છું કે તમે જાણવા માંગો છો).

ઉદાહરણ 1: જીનોમિક ડીએનએ નિષ્કર્ષણ ઉપજ અને શુદ્ધતા

ફોરજીન સોઈલ ડીએનએ આઈસોલેશન કીટ (DE-05511) વિવિધ સ્ત્રોતોમાંથી માટીના નમૂનાઓની સારવાર કરે છે, અને પ્રાપ્ત થયેલ જીનોમિક ડીએનએની માત્રા અને શુદ્ધતા નીચેના કોષ્ટકમાં દર્શાવવામાં આવી છે:
ઉદાહરણ 2: ટીશ્યુ આરએનએ નિષ્કર્ષણ ઉપજ અને શુદ્ધતા

એનિમલ ટોટલ આરએનએ આઇસોલેશન કિટ (RE-03012) એ વિવિધ પેશીના નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરી, અને મેળવેલ આરએનએની માત્રા અને શુદ્ધતા નીચેના કોષ્ટકમાં દર્શાવવામાં આવી છે (માઉસ પેશી માટે):
જો કે, એવું ન વિચારો કે તમે OD મૂલ્ય સાથે પૂર્ણ કરી લીધું છે.મેં તમારા માટે આગળ દોરેલા મુખ્ય મુદ્દાઓની તમારી પાસે કોઈ કાળજી છે?

નોટિસ

ખંડિત ન્યુક્લીક એસિડ પરમાણુઓની પણ શોષણમાં ગણતરી કરવામાં આવશે.એમ ધારી રહ્યા છીએ કે તમારી પાસે આરએનએમાં જીનોમિક ડીએનએ અવશેષો છે, તમારી OD મૂલ્ય ખૂબ ઊંચી દેખાશે, પરંતુ આરએનએની વાસ્તવિક સાંદ્રતા નક્કી કરી શકાતી નથી.તમારું આરએનએ છે કે કેમ તે સ્પષ્ટ નથી કે અધોગતિ છે કે કેમ, તેથી વધુ સચોટ ચુકાદો આપવા માટે અમને હજુ પણ વ્યાપક મૂલ્યાંકન પદ્ધતિની જરૂર છે, એટલે કે, MIQE માં ઉલ્લેખિત ન્યુક્લિક એસિડ અખંડિતતા મૂલ્યાંકન.